Năm 2006, UBND tỉnh Cao Bằng quyết định đầu tư nâng cấp và xây dựng mới giai đoạn II D.A thuỷ lợi cụm công trình sử dụng nước Hồng Đại, huyện Phục Hoà; giao cho Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn (NN&PTNT) làm chủ đầu tư và Ban Quản lý D.A Đầu tư và Xây dựng thuộc Sở (gọi tắt là Ban Quản lý D.A) thực hiện. D.A được đầu tư bằng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ với tổng mức đầu tư hơn 28,2 tỷ đồng.

Năm 2008, Thanh tra Sở NN&PTNT đã thanh tra các nội dung về kết cấu bê tông, chiều dài, chiều dày tường, mặt cắt kênh… Qua đó, đã kiến nghị Ban Quản lý D.A cắt giảm hơn 191 triệu đồng do thi công thiếu chiều dài mương so với hồ sơ quyết toán; khắc phục một số thiếu sót trong hồ sơ, thủ tục, thi công để phát huy hiệu quả, mục đích đầu tư.

Kiểm tra thực tế một số hạng mục, Thanh tra tỉnh phát hiện, kênh C Ngọc Tổng (gói thầu 1) chưa phát huy hiệu quả, mục đích đầu tư. Từ khi đưa vào sử dụng (quý I/2009), nước chảy qua chỉ có 2 - 3 lần. Còn tại kênh chính A nối dài, đoạn cuối cách giếng làng của xóm Bó - Pu hơn 10m, nước của kênh chảy tự do vào giếng làng của dân. Nhất là, những ngày trời mưa, kênh A thu nước đổ về mang theo một lượng lớn rác thải gây ô nhiễm, mất vệ sinh môi trường, làm ảnh hưởng đến nguồn nước sinh hoạt của nhân dân xóm Bó - Pu.

Hơn nữa, trong quá trình thực hiện D.A, các đơn vị thi công chưa thực hiện việc lắp đặt và bàn giao khớp nối cầu máng kênh chính A kéo dài, dẫn đến tuyến kênh chưa phát huy hiệu quả theo đúng thiết kế, không tiếp nước từ nguồn về mà chỉ thu nước mặt. Các nhà thầu thi công một số mạng mục cũng chưa đúng thiết kế; cước vận chuyển vật liệu bằng ôtô thì được tính hai lần với tổng giá trị hơn 138,6 triệu đồng.

Trước đó, năm 2003, UBND tỉnh Cao Bằng quyết định đầu tư D.A nâng cấp và xây dựng mới hệ thống thuỷ lợi Bò Thẩu - Cốc Lót tại xã Hang Hán và thị trấn Hùng Quốc (huyện Trà Lĩnh). D.A này cũng do Sở NN&PTNT làm chủ đầu tư, Ban Quản lý D.A thực hiện với tổng dự toán hơn 5,4 tỷ đồng.

Trong quá trình thực hiện D.A, cước vận chuyển vật liệu bằng ôtô được tính 2 lần nhưng cơ quan thẩm định, tổ chấm thầu và chủ đầu tư không phát hiện kịp thời, vẫn thanh quyết toán. Kiểm tra cục bộ một số đoạn tường kênh phía ta-luy đường, Thanh tra tỉnh phát hiện thi công chiều dày chưa đạt thiết kế…

Chánh Thanh tra tỉnh Vũ Quang Luyện đã yêu cầu Sở NN&PTNT, Ban Quản lý D.A, đơn vị thi công nghiên cứu biện pháp khắc phục đoạn cuối kênh chính A kéo dài trình cấp có thẩm quyền để không gây ô nhiễm, trả lại nguồn nước sinh hoạt sạch cho xóm Bó - Pu. Ban Quản lý D.A và đơn vị thi công lắp đặt khớp nối cầu máng kênh chính A kéo dài, bàn giao cho đơn vị có tránh nhiệm quản lý để bảo đảm hoàn thành đồng bộ, phát huy hiệu quả của D.A.

Thanh tra tỉnh đã thu hồi số tiền thanh toán sai hơn 138,6 triệu đồng của các đơn vị thi công D.A án thuỷ lợi cụm công trình sử dụng nước Hồng Đại; yêu cầu các đơn vị thi công hệ thống thuỷ lợi Bò Thẩu - Cốc Lót nộp hơn 58 triệu đồng vào tài khoản tạm giữ của Thanh tra tỉnh. Sở NN&PTNT, Ban Quản lý D.A tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân đã để xảy ra sai sót.