Trong kết luận kiểm tra của Thanh tra Sở Giao thông Vận tải (GTVT) TP Hồ Chí Minh ngày 30/10/2009 có nêu: Ban Kiểm soát HTX không làm tròn trách nhiệm, không thực hiện đầy đủ các quyền và nhiệm vụ được quy định tại Điều 29, 30 Luật HTX năm 2003, không kiểm tra việc chấp hành Điều lệ HTX của BQT, chưa giám sát, kiểm tra tài chính, kế toán, không kiểm tra, giám sát việc sử dụng các quỹ và  giải quyết các khiếu nại, tố cáo (KN,TC) của xã viên. Thậm chí, còn đồng tình với chủ trương của BQT HTX trong việc lập quỹ trái phép ngoài sổ sách, thu tiền đóng góp sai quy định của xã viên trong việc mở tuyến và thay đổi chủng loại xe, dẫn đến KN,TC trong nội bộ kéo dài. 

BQT HTX đã chủ trương lập quỹ trái phép, để ngoài sổ sách của HTX từ năm 2006 đến cuối năm 2007 với tổng số tiền 554.740.000 đồng. Ngoài ra BQT còn chủ trương và thực hiện thu tiền đóng góp của xã viên trái quy định, chưa được đại hội xã viên thông qua. Cụ thể: BQT HTX tự quyết định thu phí mở tuyến 618 của 22 xe buýt B80 với mức thu 15.000.000 đồng/xe, với số tiền là 330.000.000 đồng, thu phí mở tuyến 03 của xe 9801 số tiền 5.000.000 đồng. BQT còn tự quyết định thu tăng vốn Điều lệ 7.500.000 đồng/xe đối với loại xe buýt B55 và 15.000.000 đồng/xe đối với loại xe buýt B80, tự quyết định rút vốn điều lệ cho xã viên xe B47 vay số tiền 201.050.000 đồng và quyết định thu quỹ phát triển HTX từ những xã viên của tuyến 33 với số tiền 300.000 đồng/xe/tháng. 

Chưa hết, BQT HTX không tuân thủ chế độ chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật, thực hiện chi tiêu tùy tiện. Số liệu thống kê cho thấy, từ năm 2007 đến giữa năm 2009, Chủ nhiệm HTX và các thành viên BQT đã trực tiếp nhận tiền để chi giao tế, đi công tác, mở tuyến, khảo sát… với tổng số tiền 1.675.192.500 đồng nhưng không có chứng từ chứng minh.  Cũng xin nói thêm là, còn có nhiều trường hợp cá nhân không rõ họ tên, không rõ địa chỉ vẫn ký nhận và chi tiêu từ tiền quỹ của HTX vào việc tiếp khách, bồi dưỡng, đi công tác… với tổng số tiền 114.056.000 đồng… cũng không có chứng từ kèm theo.

Theo kết luận của Thanh tra Sở GTVT, hành vi của BQT HTX và các cá nhân có liên quan đã gây thiệt hại nghiêm trọng quyền, lợi ích của tập thể xã viên và có dấu hiệu vi phạm pháp luật về tội danh: Lập quỹ trái phép và tham ô được quy định tại Điều 278, Điều 166 Bộ luật Hình sự.

Sau khi đoàn kiểm tra phát hiện hàng loạt vụ việc bê bối xảy ra tại HTX, ngày 19/10/2009, Chủ nhiệm HTX Nguyễn Trường An đã có văn bản báo cáo BQT thống nhất xin khắc phục hậu quả với số tiền chi tiêu không chứng từ là 1.084.000.000 đồng nhưng đến nay đã gần 1 năm vẫn… chưa có động thái gì.

Trong cuộc tiếp xúc với chúng tôi vào ngày 13/8/2010, ông Nguyễn Văn Gọn, Chủ nhiệm HTX (Chủ nhiệm mới) cho biết: Do BQT cũ không bàn giao đầy đủ hồ sơ, sổ sách, không có thái độ hợp tác nên hiện nay HTX rất lúng túng trong việc thực hiện kết luận và kiến nghị của đoàn thanh tra. Mới đây, Sở Tài chính TP Hồ Chí Minh yêu cầu HTX báo cáo số liệu về tiền trợ giá xe buýt nhưng BQT không biết phải làm sao… Ông Gọn đề nghị các cơ quan chức năng của quận 12 và Sở GTVT có chỉ đạo, hướng dẫn, giúp đỡ về thủ tục pháp lý để HTX sớm củng cố, khắc phục những sai phạm của BQT cũ, từng bước đưa HTX trở lại hoạt động bình thường.