Qua công tác thanh tra, cũng đã đề nghị thu hồi 313,36 ha đất; tịch thu 37,77 m3 gỗ; đã thu hồi nộp ngân sách nhà nước số tiền 2.024,22 triệu đồng; 37,77 m3 gỗ; phạt hành chính 192,2 triệu đồng. Xử lý kỷ luật 20 cán bộ; kiến nghị xử lý kỷ luật đối với 6 đảng viên; chuyển cơ quan điều tra 01 vụ việc.  Các sai phạm phát hiện qua thanh tra tập trung vào các lĩnh vực như quản lý ngân sách, thực hiện chính sách xã hội; quản lý, sử dụng tài nguyên, khoáng sản, quản lý đất đai và đầu tư xây dựng cơ bản.

Cũng trong thời gian này toàn tỉnh nhận được 188 đơn tố cáo (trong đó có 16 đơn tố cáo về tham nhũng). Nội dung tố cáo chủ yếu là: Tố cáo cán bộ lợi dụng chức vụ, quyền hạn, chi tiêu không minh bạch, thu lợi cá nhân; cán bộ xã xâm tiêu tiền công quỹ của nhà nước; hành vi vi phạm pháp luật của cán bộ công chức trong thi hành nhiệm vụ; việc chi trả tiền hỗ trợ cho các gia đình có gia súc bị chết trong đợt rét đậm, rét hại năm 2008 và việc chi sai tiền hỗ trợ cho các hộ nghèo ăn tết Kỷ Sửu theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ... Qua phân loại, xử lý, có 126 đơn đủ điều kiện để giải quyết, đã giải quyết 105 đơn, đạt 83,33%  21 đơn còn lại đang được xem xét, giải quyết theo quy định.

Qua giải quyết đơn tố cáo của công dân, Thanh tra tỉnh đã phát hiện sai phạm với số tiền 799,84 triệu đồng, 22.910m2 đất; xử lý thu hồi cho nhà nước 234,78 triệu đồng, 22.910m2 đất; trả lại cho người có quyền lợi liên quan 101,24 triệu đồng; đã xem xét xử lý kỷ luật đối với 06 cán bộ; chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra 01 vụ việc tại huyện Thuận Châu.

Qua đơn thư tố cáo của tại xã Mường Do và Tường Hạ - huyện Phù Yên, Thanh tra huyện đã xác minh, làm rõ cán bộ xã, bản đã có hành vi tham nhũng trong việc kê khai khống số trâu, bò chết rét với tổng số tiền là 38.800.000 đồng. Qua giải quyết đơn của công dân Bản Thon - xã Tường Thượng, Thanh tra huyện đã xác minh, làm rõ và kiến nghị thu hồi 6,816 ha đất do chuyển nhượng trái phép, kiến nghị xử lý 13 cán bộ.

Thanh tra huyện Bắc Yên qua công tác thanh tra giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo của công dân đã phát hiện những sai phạm trong việc triển khai thực hiện chính sách hỗ trợ người nghèo theo Quyết định số 81/2009/QĐ-TTg ngày 15/01/2009 và Quyết định số 112/2007/QĐ-TTg ngày 20/7/2007 của Thủ tướng Chính phủ; sai phạm về nguyên tắc quản lý tài chính trong việc triển khai, thực hiện Chương trình 134 và 135 giai đoạn II; việc lợi dụng chức vụ, quyền hạn chiếm dụng kinh phí hỗ trợ xăng dầu cho các bản đặc biệt khó khăn và tiền hỗ trợ khu dân cư của các bản năm 2008 trên địa bàn huyện. Qua thanh tra đã kiến nghị thu hồi nộp ngân sách nhà nước số tiền 123.275.000 đồng; kiến nghị xử lý 05 cán bộ cấp xã. Được biết, trong thời gian qua, đơn thư tố cáo của nhân dân tăng so với cùng kỳ và có diễn biến tương đối phức tạp, nội dung tố cáo tập trung nhiều trong việc thực hiện các chính sách an sinh xã hội. Cấp uỷ, chính quyền địa phương, các ngành quan tâm chỉ đạo giải quyết kịp thời các vụ việc tố cáo phát sinh, ổn định tình hình, hạn chế đơn thư vượt cấp về tỉnh và về trung ương.

Tổng số vụ án tham nhũng đã đưa ra xét xử trong kỳ là 5 vụ; số đối tượng bị kết án tham nhũng là 9 người, trong đó, số đối tượng phạm tội tham nhũng nghiêm trọng là 1 người; rất nghiêm trọng là 7 người và đặc biệt nghiêm trọng là 1 người. Số tài sản tham nhũng đã phát hiện được là 1.781.426.784 đồng và tài sản khác quy đổi ra tiền với giá trị là 60.208.796, đồng; số tài sản tham nhũng đã thu hồi, bồi thường là 125.200.000 đồng. Số vụ việc và đối tượng tham nhũng đã được phát hiện đang được cơ quan chức năng xem xét, xử lý là 2 vụ với 2 bị cáo.

Tuy nhiên, việc phát hiện hành vi tham nhũng qua hoạt động tự kiểm tra nội bộ của các cơ quan, đơn vị còn là khâu yếu, trong đó chủ yếu là chấn chỉnh công tác chuyên môn, nghiệp vụ.