Tuy nhiên, trong quá trình triển khai cũng đã bộc lộ một số tồn tại. Kết quả cuộc thanh tra về quản lý, sử dụng vốn trong sửa chữa cơ sở hạ tầng đường sắt năm 2006 vừa qua đã phản ánh rất rõ điều đó.

Trong quá trình thực hiện chi sửa chữa định kỳ, Tổng Cty ĐSVN đã thực hiện theo đúng quy định. Tuy nhiên, tại một số Cty trực thuộc lại thực hiện chi không tuân thủ theo quy định, chi sử dụng vốn sự nghiệp kinh tế vào thực hiện các chi phí bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, chi ăn giữa ca cho cả số lao động tham gia sản xuất ngoài công ích. Một số đơn vị như Cty Thông tin Tín hiệu đường sắt Hà Nội, Sài Gòn, Cty Quản lý Đường sắt Thanh Hoá và Yên Lào xuất kho một số vật tư trong thực tế lại thấp hơn so với hồ sơ nghiệm thu và dự toán điều chỉnh được duyệt với tổng số tiền gần 400 triệu đồng. Thậm chí, hầu hết các đơn vị thực hiện hạng mục “chi khác” không đúng nội dung được duyệt trong dự toán. Một số đơn vị chi vượt dự toán được duyệt như chi công tác phí, chi theo chế độ người lao động (bồi dưỡng độc hại, phụ cấp đi phép) chi phí chung và chi phí bổ trợ phục vụ sản xuất chính…

Tại công trình sửa chữa lắp đặt hàng rào bảo vệ km 649+300 đến km 649+800 Cty Quản lý Đường sắt Bình Trị Thiên nghiệm thu chưa phù hợp với bản vẽ hoàn công và dự toán, đồng thời vượt so với bản vẽ hoàn công thực tế thi công với giá trị gần 60 triệu đồng. Tại Cty Quản lý Đường sắt Đà Nẵng, vật tư thu hồi đưa vào công trình sử dụng chưa bảo đảm thủ tục theo quy định.

Điều đáng nói, trong sửa chữa lớn từ khâu khảo sát, thiết kế kỹ thuật, đấu thầu và nghiệm thu đều có tồn tại. Trong sửa chữa đường an toàn mỏ đá Lâm Giang đã không khoan khảo sát, đánh giá nên đường ô tô là đá C4, trong thực tế, phần lớn là đất C3 nên khối lượng phá đá bằng nổ mìn là chưa phù hợp. Sửa chữa lớn đường hầm km774+100 đến km775+300, khảo sát chưa đầy đủ khối lượng đào phá rãnh, đổ bê tông, số tà vẹt thay thế. Trong thiết kế sửa chữa lớn của cầu Bắc Giang km48+738 đã không thiết kế phương án bảo đảm an toàn phân luồng giao thông đường bộ, điều tiết khống chế bảo đảm an toàn giao thông đường sông dẫn đến thi công kéo dài, phải bổ sung dự toán cho hạng mục.

Đối với công tác nghiệm thu thanh toán tại công trình sửa chữa lớn bãi hàng giữa đường 10 và đường X1 Ga Lào Cai, Cty Cổ phần Tư vấn Đầu tư và Xây dựng Công trình I đã ký hợp đồng với Cty Cổ phần Hạ tầng và Xây dựng Phương Nam về việc “đào đất, vận chuyển đất thừa đổ đi và đào đất, vận chuyển đất đồi để đắp nền bãi hàng giữa đường 10 và đường X1 Ga Lào Cai”, nhà thầu đã lập 2 biên bản nghiệm thu cùng ngày 30/12/2005, hai bản thanh lý hợp đồng cùng ngày 8/2/2006 với cùng hạng mục công việc nhưng giá trị tiền và khối lượng khác nhau (1 bản với khối lượng 3.500m3 đất, giá trị hơn 200 triệu đồng; 1 bản có khối lượng 4.527 m3, giá trị hơn 286 triệu đồng). Nhưng, tại Cty Phương Nam chỉ có biên bản nghiệm thu và thanh lý hợp đồng với khối lượng 3.500 m3, giá trị hơn 200 triệu đồng. Phần chênh lệch thực hiện khối lượng thiếu giữa nghiệm thu và hợp đồng đối với 3 hạng mục công việc với giá trị hơn 85 triệu đồng.

Tại công trình sửa chữa đường ga số 2, 3 Ga Hà Nội, phần nghiệm thu cũng chưa phù hợp với bản vẽ và dự toán…

Như vậy, tổng số tiền tại một số công trình nghiệm thu không đúng thực tế thi công là hơn 562,6 triệu đồng, trong đó sửa chữa lớn gần 119 triệu đồng; sửa chữa thường xuyên hơn 391,7 triệu đồng và sửa chữa khẩn cấp gần 60 triệu đồng.

Trên cơ sở kết luận thanh tra, lãnh đạo Bộ Giao thông Vận tải đã chỉ đạo Tổng Cty ĐSVN tổ chức kiểm điểm đối với tập thể và cá nhân liên quan chưa làm hết chức năng, nhiệm vụ được giao. Cục Đường sắt Việt Nam phải tăng cường công tác kiểm tra, giám sát việc thực hiện kế hoạch vốn sự nghiệp kinh tế hàng năm đối với Tổng Cty ĐSVN; đồng thời xử lý về kinh tế, thu hồi tổng số tiền hơn 562,6 triệu đồng.

Qui hoạch tổng thể phát triển giao thông đường sắt đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, trong đó dự kiến vốn cho cơ sở hạ tầng đường sắt đến năm 2020 là 98.051 tỷ đồng để đến năm 2020 rút ngắn hành trình tuyến Thống Nhất xuống còn 24h, tuyến Hải Phòng còn 1h20, Hà Nội -  Lạng Sơn còn 2h30, Hà Nội - Lào Cai còn 5h30. Tổng Cty ĐSVN có nhiệm vụ quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do Nhà nước đầu tư, bao gồm: Nhiệm vụ quản lý, sửa chữa thường xuyên và sửa chữa vừa. Nhiệm vụ sửa chữa lớn. Nhiệm vụ khắc phục hậu quả do sự cố, thiên tai, tai nạn giao thông.