Tháng 10/2008, Hoàng Tùng Hữu đã bị Ủy ban Kiểm tra Kỷ luật T.Ư Trung Quốc tiến hành điều tra vì những vi phạm kỷ luật nghiêm trọng và bị khai trừ khỏi Đảng. Tiếp đó, Ủy ban Thường vụ Quốc hội Trung Quốc đã bãi nhiệm chức Phó Chánh án TAND Tối cao và bãi miễn vị trí Ủy viên Ủy ban Thẩm phán T.Ư của Hoàng Tùng Hữu. Đến tháng 10/2009, vụ việc được chuyển cho Viện KSND Tối cao thụ lý để tiến hành các thủ tục truy tố ra tòa và hứa hẹn sẽ được đưa ra xét xử trong thời gian sớm nhất.

Hoàng Tùng Hữu bị điều tra về 3 vấn đề: Lợi dụng chức vụ mưu lợi cá nhân, nhận hối lộ với khoản tiền lớn; vi phạm quy định, nhận quà và lễ vật; có lối sống buông thả. Tuy nhiên, sau khi điều tra, Hoàng Tùng Hữu chỉ “dính” một tội danh là nhận hối lộ. Theo tiết lộ ban đầu, số tiền "bẩn" này là hơn 4 triệu NDT.

Kết quả điều tra cho thấy, Hoàng Tùng Hữu liên quan đến vụ án tham ô của Dương Hiền Tài, nguyên Giám đốc Sở Thi hành án TAND Tối cao tỉnh Quảng Đông. Vị Giám đốc Sở này đã bị điều tra và xét xử hồi cuối năm 2008 vì hành vi gian lận trong quá trình thi hành án tòa nhà Trung Thành Plaza ở TP Quảng Châu, tỉnh Quảng Đông. Chính từ vụ án này, người ta mới phát hiện ra sự bao che của Hoàng Tùng Hữu.

Theo kết luận của vụ án gian lận này, Trung Thành Plaza nằm trên đường Thiên Hà, một trong những con đường đẹp nhất TP Quảng Châu với diện tích 230.000m2, được bán đấu giá 30.000 đôla Hồng Công/m2. Tuy nhiên, do đơn vị khai thác không đủ vốn nên tháng 7/2002, TAND tỉnh Quảng Đông đã chỉ định TAND TP Quảng Châu phụ trách giải quyết. Khi tiến hành phát giá bán khu đất, có 2 đơn vị là Tập đoàn Bảo Lợi và Tổng Cty Thành Kiện tham gia mua, nhưng kết quả là Cty TNHH Trí Nghiệp Tuấn Bằng và Cty TNHH Đầu tư Quốc tế Kim Mậu Bắc Kinh, 2 Cty không tiếng tăm gì cả về năng lực vốn cũng như năng lực kinh doanh bất động sản, đã mua lại được khu đất vàng này với giá cực kỳ thấp, 924 triệu NDT.

Tuy nhiên, do ông chủ của Cty TNHH Trí Nghiệp Tuấn Bằng là Phạm Tuấn Nghiệp trước đó đã dính líu đến những bê bối do làm giả chứng từ tài chính nên bị mất quyền thu mua Trung Thành Plaza, chỉ còn lại Cty Kim Mậu Bắc Kinh (nhiều nguồn tin cho rằng Phạm Tuấn Nghiệp cũng chính là ông chủ đích thực của Cty Kim Mậu Bắc Kinh) được toàn quyền mua. Tháng 2/2005, ngay sau khi được cấp đầy đủ giấy tờ sở hữu Trung Thành Plaza, Cty Kim Mậu Bắc Kinh đã lập tức bán lại quyền sở hữu này cho một đơn vị khác với cái giá cũng rất rẻ, 1,3 tỷ NDT. Như vậy, Cty Kim Mậu Bắc Kinh đã đút túi gần 400 triệu NDT. Sau thương vụ chuyển nhượng này, Giám đốc Sở Thi hành án Quảng Đông Dương Hiền Tài đã bị nghi ngờ có liên quan. Và, từ vụ án Dương Hiền Tài, người ta tiếp tục phát hiện ra, trong vụ chuyển nhượng Trung Thành Plaza, Dương Hiền Tài thực hiện theo chỉ thị của Hoàng Tùng Hữu.

Trong quá trình điều tra Hoàng Tùng Hữu, có 4 cán bộ cấp Sở trở lên cũng bị điều tra vì có liên quan; trong đó có Lý Quân, nguyên thẩm phán lập án của TAND Tối cao, đã bị xử 3 năm tù giam hồi tháng 9 năm ngoái vì tội nhận hối lộ 100.000 NDT. 3 người còn lại đang chờ hoàn tất hồ sơ để đưa ra xét xử.

Đến nay, vụ án Hoàng Tùng Hữu đã gây chấn động và ảnh hưởng rất lớn đến trong và ngoài hệ thống tòa án. Ngành Tư pháp Trung Quốc đã vướng phải sự nghi ngờ về tính trung thực trong quá trình xét xử. Chính vì điều này mà Chính phủ Trung Quốc đã chỉ đạo toàn bộ ngành Tư pháp phải triển khai một đợt chống tham nhũng mạnh mẽ nhất, xử lý kiên quyết bất cứ cán bộ nào vi phạm kỷ luật.